El Padre Vizcarra se consagró sacerdote el 3 de septiembre de 1993, mientras desempeñaba su oficio de diácono en la parroquia San Roque, en Recreo, departamento La Paz, donde fue nombrado luego como Vicario Parroquial.
En 1994 fue designado Vicerrector del Seminario Menor Nuestra Señora del Valle; y en 2000, capellán de FASTA. En 2001 colaboró con la parroquia San Antonio de Padua, entre otras.
El 16 de marzo de 2002 se crea la cuasi parroquia de la Santa Cruz, siendo nombrado como cuasi párroco, con tres comunidades: San Pantaleón, San Benito de Palermo y San Roque González de Santa Cruz.
El 18 de septiembre de 2005, se eleva la Santa Cruz a la categoría de parroquia y el Padre Víctor Hugo es nombrado párroco. Durante su servicio pastoral, se agregaron otras tres comunidades: San Juan Diego, San Expedito y San Fernando, en la capilla del Centreo Administrativo del Poder Ejecutivo (CAPE).
También desempeñó tareas como docente desde 1993, en el Colegio Inmaculada Concepción de Recreo y el Instituto San Pío X. Actualmente, enseña en los colegios Juan Pablo II y Nuestra Señora del Valle, y en el Instituto Superior FASTA Catamarca.
Fue director de Catequesis de la diócesis, y en 2008 se hizo cargo de la Vicaría Episcopal para la Educación, creada por Mons. Luis Urbanč.
